GlassFish アップデートで障害発生から止まっていた Alfa.linuxfront.com の Jenkins がようやく復旧しました。
何が問題を起こしていたのかを簡潔に書けば、GlassFish 4.1 のクラスター インスタンスに配置していたために Jenkins が初期化に失敗していたということでした。単一のスタンドアローン インスタンスに配置替えをしたことにより初期化に失敗することもなくなり、ひとまず平常運転に戻れそうです。
不思議なのは、前バージョンの GlassFish 4.0 ではクラスター インスタンスでも動いてたってことなんですよね。4.1 で動作が変わったのでしょうか。