Jenkins を稼働させているアプリケーション サーバーに比較のため Hudson を追加インストールしたら、Jenkins が Hudson の ${user.home}/.hudson を見に行っておかしくなっていた模様です。普通は自分のディレクトリ (${user.home}/.jenkins) が既にあれば、そっちを先に見に行くものだと思うのですが、どこか間違っている気がします。

結局、アプリケーション サーバー側で JENKINS_HOME を正しいディレクトリに設定して分離には成功しましたが、この挙動は腑に落ちません。