かねてより書いているとおり、当工房では Hudson と Jenkins をともに運用しているわけで、これまでに分かった両者の違いをまとめてみます。

1. Jenkins の方がコミュニティに活気があり、プラグインも多い。
2. Hudson は同梱されているプラグインが少なく、最初の起動時にダウンロードするようになっている。
3. Hudson では Jenkins にもある Maven プロジェクトがレガシー扱いになっていて、自由形式プロジェクトで扱えるように変更されている。
4. Hudson ではマスター ノードの構成が Jenkins のようには独立していない。
5. Hudson にはカスケーディング ジョブがあり、ジョブの継承やテンプレート的な利用が標準機能だけで可能になっている。
6. Jenkins は ${user.home}/.jenkins と ${user.home}/.hudson がどちらもあると後者を優先して利用する。システム プロパティで JENKINS_HOME を設定しない限り、同一アカウントでは共存できない。

最後のは違いではないですが、どちらも使ってみたい方には参考になるのではないかと思います。